在击退亚神们的战舰后，新盘古世界得到了短暂的和平与安宁，但并未持续太久，因为“天”出现了新的问题，在失去盘古大陆灵气的滋润后，众神们的神力开始随着岁月流逝，本来拥有永恒寿命的神也纷纷开始陨落。
在死亡恐惧的威胁下，“天”上的众神重新燃起了夺回盘古大陆以重塑神力与无尽寿命的斗志，因此“天”上众神的第二次入侵很快就到来了，这次从“天”上将领的，入侵新盘古世界的巨型战舰也变得更多了。
但吸取了上次战争失败的教训，众神们采取了与上一次入侵截然不同的策略，竭尽全力干扰新盘古世界的文明联合起来，并渗透进内部瓦解他们的联盟，而后再逐个击破。
起初，众神们各个击破的战略奏效了，新盘古大陆各大文明都陷入了内斗的战火中，而“天”上的众神作为战争商贩给各大文明提供武器，不过各大文明很快就察觉到这实际上是“天”上众神们的阴谋，于是瞒着众神的眼睛，在私底下建立了联盟，并采取了将计就计的应对策略。
各大文明之间的战火虽然延绵不断，但实际上都没有伤及到根基，他们都在暗中保存实力，一方面不断地获取从“天”上众神那里得来的科技，另一方面伺机而动，等待“天”上众神露出狐狸尾巴，而后再联合起来给其致命一击。
果然，在各大文明过家家式的战争游戏下，“天”上众神以为打得差不多了，自以为抓住了时机，一举发动带来的舰队加入了战争中，不过众神们很快便被贩卖给各大文明的武器打得节节败退。
这一战中，“天”上的众神损失惨重，原先入侵的十六艘战舰被击落了十二艘，有三艘被俘获，剩下的那一艘极其狼狈地逃回了“天”上，此外，陨落的神与亚神也不计可数。
以至于到了最后，神王黄昏战神亲自将临新盘古世界出手，不过在失去灵气滋润后，黄昏战神的神力流失得也十分厉害，最后竟然敌不过新盘古世界十二个最强文明的领袖联手。
这十二个击败黄昏战神的文明领袖，又被后世之人称作十二祖巫，十二祖巫虽然击败了黄昏战神，不过并未彻底将其弑杀掉，黄昏战神在逃走时，使出了神通将盘古大陆大部分的灵气都剥落了下来，并带回到“天”上。
重获灵气的“天”重新燃起了生机，而众神们也渐渐恢复了神力以及永恒的寿命，不过失去了大部分灵气的新盘古世界却面临末日，灵气是盘古大陆上生灵们繁衍生息赖以生存的东西，所以失去灵气对于大部分种族来说都是毁灭性的打击。
所以为了争夺盘古大陆上剩余的灵气延续自身所在的部族，十二祖巫纷纷带领自己的部族爆发战争，此次内战中所有组建起来的联盟乃至是文明都被彻底解构，每个种族都极其自私地为了得到灵气而残忍地将其他种族屠戮掉。
来自魔界的女魔伊娃不忍心看着盘古大陆上各大种族相互屠戮争战，所以用两仪生灭阵将亡灵的怨气转化成了灵气，并用周天星斗大阵使得灵气均匀地在整个盘古大陆上流动，在灵气稀缺的问题得到根源性的解决后，盘古大陆上各个部族也渐渐地停止了战争。
但是那一战中还是使得许多弱小的种族蒙受到灭族之灾，让盘古大陆上的生灵放下厮杀屠刀的女魔伊娃也摇身一变成为了生灵们侍奉的神明，盘古大陆上的生灵把伊娃称呼为女娲，而后世之人又把伊娃补充盘古世界灵气的世界成为女娲补天。
伊娃除了补天之外，还做了另一件大事，那便是揉合了盘古大陆上各个种族的血脉创造人类，而人类又把自身以外的生灵，也就是盘古大陆上原先的各个种族统称为妖。
人类虽然不像妖那样具备强大的肉身与能力，但是人类继承了神与魔的智慧，又因为人类的血脉中融合了万灵之血，所以人类又自称为万物之灵。
人类灵智程度远高于妖，并且非常懂得保全自身，所以弱小的人类向各个强大的妖族进贡，并换取强大妖族的保护，并自愿给强大的妖族当附庸，所以人类才得以在万妖纵横的洪荒时代中苟且偷生地存活下来。
第二次“天”神的入侵战争摧毁了新盘古世界上的文明，所以盘古世界上的各大部族为了统一又重新开启了征服战争，而这场强大部族统治弱小部族的征服战争中，最耀眼的却不是强大的十二祖巫，而是两个异种。
“天”神第一次入侵新盘古世界时，盘古大陆上的各大文明便向曾经的盟友，也就是活在地底魔界中的魔求助过，期间有包括伊娃在内的无数大魔从魔界里走出重新进入新盘古世界，并帮助大陆上的新灵们击败“天”神。
在击败“天”神后，虽然大部分的魔都回到了魔界，但仍有部分的魔选择留在这片大陆上，久而久之，魔开始与盘古大陆上各种生灵通婚，而魔与妖生下的异种都极其容易夭折，不过活下来的异种却展现出比魔，甚至比神王还要强的神通。
其中有一对双胞胎异种更是直接颠覆了妖界与神界，这对双胞胎异种的大哥名为帝俊，弟弟名为太一，他们的真身都是头顶上盘绕阳火的三足金乌。
在第二次巫妖大战中，太一以一己之力血拼八大祖巫，并使八大祖巫统统陨落，十二祖巫最强大的八个被太一杀死后，剩下的四个已经完全不是太一的对手了，所以纷纷向太一俯首称臣，而太一也迅速统一了洪荒万族，并建立了一个空前强大的文明，其名为夏。
而东为五方之首，所以太一也被称为东皇。
弟弟太一统治了盘古大陆上的万族，而哥哥帝俊的丰功伟绩更是被大陆上的生灵口口颂赞，因为帝俊乘坐第二次“天”神入侵战争中从众神那里俘获而来的战舰登“天”，以一己之力敌“天”上众神，并弑杀了黄昏战神。
在黄昏战神陨落后，帝俊在天上称帝，万神皆给他俯首称臣，因为天上众神把帝俊这个异种误认为是从盘古大陆上来的妖，所以帝俊又素有妖皇之称，在弑杀神王成为了神帝之后，妖皇又在天上重新组建了天庭统治天上众神。
兄弟二人联手统治天地后，天地都进入了太平盛世，然而好景并不长，不到半个太阳纪后，来自星空深处异世界的入侵开始了，八艘像天体般庞大的战舰驶进了太阳系，盘古大陆的生灵们仰望天空时便会看到九个太阳，并不是真的出现了九个太阳，而是因为其中八个太阳实际上都是来自异世界的战舰。
作为万灵至尊的天帝，帝俊首当其冲率领天庭众神与异世界入侵的大军展开大战，在连续恶战了三个太阳纪后，异世界入侵者终于找到了天庭众神的弱点，那就是众神们需要依赖“天”上的灵气才能施展神通，所以异世界入侵者用巨大的战舰同时向“天”发出了巨大的光束进行攻击，并彻底击碎了“天”。
在“天”被击碎后，原本附着在“天”上的灵气也在星空中飘散，“天”上的众神也因此丧失了神力，而妖皇帝俊更是被异世界入侵者击杀，在天帝陨落后，异世界入侵者又乘着破竹之势彻底摧毁了天庭。
摧毁天庭之后，紧接着异世界入侵者又开始向新盘古世界进军，不过却在与大陆上盘踞的万妖交战后遭遇滑铁卢，但异世界入侵者很快就想到了对付妖的办法，他们打算用击败神的办法故技重施。
不过正当异世界入侵者准备驱动带来的战舰发射巨大的光束击碎盘古大陆让其上盘绕的灵气流失时，最后一位神挺身而出了，那便是天帝之子。
帝俊在率领天庭众神与异世界入侵者交战时便预料到自己和天庭都会毁在敌军手上，所以他一早就把自己的儿子羿送去了盘古世界。
在天庭与异世界入侵者大军交战的三个太阳纪里，羿游历了盘古世界里的各个种族，并结识了魔界之主炎帝的小女儿女娃，随后羿又跟随女娃进入魔界，炎帝对羿这个女婿非常满意，在得知他是天帝之子后，便有意让他成为新一代的魔帝，炎帝为了培养新帝亲自向羿倾囊相授。
在得知异世界入侵者要毁掉盘古世界的时候，毕竟这也是事关魔族存亡的要事，魔界众魔自然不能坐视不理，所以炎帝派出储君羿带领魔界众魔与异世界入侵者大军交战。
为了击败异世界入侵者，妖魔再次联合起来，虽然妖魔联手及时阻止了异世界入侵者大军发射光束摧毁盘古世界的计划，不过异世界入侵大军却另辟蹊径找到了另一个击溃妖魔大军的方法，那边是在盘古星球的大气层上开出一个洞来，并借助恒星的引力把灵气从盘古星球表面剥离出来。
起初是东皇太一在统领妖魔两族与异世界入侵者大军交战，不过在异世界入侵者把盘古星球的灵气剥落后，妖魔大军的战斗力也迅速大幅度下降，而异世界入侵者更是趁机派出刺客刺杀妖魔两族的统领太一，而东皇太一也因此被刺陨落。
但太一陨落前重新化回了真身三足金乌，并用最后一口气把自己的毕生修为化作了一柄金乌神弓，在东皇太一陨落不久后，妖族所建立的夏王朝便被异世界入侵者彻底击溃，而彻底失去灵气滋润的众妖们也开始纷纷死亡，大约一个太阳纪后，妖族便彻底灭绝了。
在异世界入侵者剥离盘古星球的灵气时，魔君炎帝用神通把一部分灵气固定在魔晶中并储存了下来，并把固定了灵气的魔晶埋藏在地底深处，而盘古大陆上失去了灵气后，魔族大军也带着部分存活的妖族部落撤回了地底魔界避难。
在妖族覆灭与魔族撤退后，盘古大陆就只剩下了人族，而人族后来又为了划分魔界，所以把盘古大陆称为人界。
在妖魔联合大军抗击异世界入侵者大军那场战争中存活下来的羿在人族中称帝，并率领人族继续与异世界入侵者大军抗争，后来羿在东皇殿寻找太一遗落的神器东皇钟时无意中发现了太一毕生修为所化的金乌弓。
在得到金乌弓后，羿恍若得到了太一的神助，用金乌弓射毁了异世界入侵者大军带来的那八艘战舰，而后世人族的口口相传中，亦有“后羿射日”的传说。
在战舰被毁后，异世界入侵者用战舰的残骸重塑“天”，并把“天”打造成了一部卫星级的战舰，并将其命名为“月”，也就是今天我们仰望星空时所能看到的月球。
不过异世界入侵者大军惧怕羿的金乌弓，所以把名为月的这艘行星级战舰停靠在盘古星球的三十八万千米外，也就是金乌弓射不到的安全距离，并让月球围绕着盘古星球旋转，暗中等待羿死去，等到金乌弓失去使用者后，再度入侵盘古世界。
但是等了三个太阳纪之后，羿还未死去，而异世界入侵者也终于等得不耐烦了，最终异世界入侵者想出了一个办法，他们设了一个局诱杀来羿，那边是对人族放出流言，说天帝帝俊还未陨落，被囚禁在月上被异世界入侵者折磨。
天帝之女，也就是羿的姐姐与妻子之一的恒娥，在听到了这个消息后，立刻焦急了起来，她与弟弟及夫君羿商量如何拯救父亲帝俊，不过羿一眼就看出了这是异世界入侵者的诡计，所以并未打算过去“月”上救所谓被囚禁的父亲。
但救父心切的恒娥管不了这么多，心急之下便乘坐妖族们曾经从众神那里俘获的三战舰其一登上了月，另外，恒娥在人族口中还有另一个名字，那便是嫦娥，而后世的人族又把这一事件称之为嫦娥奔月。
恒娥登月后，便被月上的异世界入侵者俘获住了，异世界入侵者用恒娥的性命来要挟羿，羿可以不救那个凭空捏造的被困父亲，但却不能眼睁睁看着妻子恒娥丧命，所以羿也带着金乌弓，乘着妖族剩下的最后一艘神族战舰登月了。
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